あんまり変わっていないのですが、長い期間の軸でプレイするのに慣れてきた&多数のポケモンを運用する前提になったので、メインスキルLvupとかの評価はだいぶ下がりましたね。
基礎能力up系
おてつだいボーナス・おてつだいスピード
あれば基本的に嬉しいサブスキルです。食材とくいやスキルとくいの場合は、さすがに食材確率upやスキル確率upが1つは付いていないと厳しいのですが、基本的には一番欲しい類のスキルですね。
私は以下があって正確に問題がなければ、基本的にもう厳選終了してます。
- きのみとくい:きのみの数+おてスピMorおてボ
- 食材とくい:食材確率upM+おてスピMorおてボ
- スキルとくい:スキル確率upM+おてスピMorおてボ
食材確率アップ
食材とくいの場合は必須、そうでなければ別にいらないです。(序盤なら別におてスピ系2つぐらい付いていれば食材とくいで食材確率upなしでも採用できますが)
食材確率アップMがついていればまあ、採用してもいいかな…とはなりますね(最近はそれだけだと採用しないけど)。
きのみとくいの場合、若干きのみの入手を阻害しますが、Lv60が前提になると、きのみとくいでも結構な量の食材を持ってくるので、ついていてマイナス、というわけでもないですね。
スキル確率アップ
スキルとくいの場合は必須です。(序盤の場合は、メインスキルレベルアップの方が即効性があるので、メインスキルレベルアップ+おてスピ系とか、メインスキルレベルアップMとS両方付いてるとかでも採用できますが)
スキルとくいについては、ほかのポケモンでの代替が中々できないので、スキル確率アップM+Sとか、+αが欲しいところです。

その他能力Up
きのみの数
きのみとくいであれば必須。
ほかでも、基本的にあればプラス要素です。ただ、食材とくい、スキルとくいの場合は、睡眠時の活躍を阻害するので、睡眠時に別のポケモンを使う前提での採用にはなります。
Lv60開放やスキルの強化により、きのみの数一強感はかなり崩れてきました。別にきのみとくい、編成してて楽しくないし…。どちらかというと、スキル確率アップもりもりのスキルとくいが欲しい、という印象。
最大所持数アップ
基本的に能率に全く影響しないのですが、Lv60開放で食材保持数溢れが頻発するようになり、重要度が増しました。
所持数アップLが付いている食材とくいとは一緒に寝たいですが、そうでないとちょっと迷いますからね…。
スキルとくいの場合でも、睡眠時に2回発動をしっかりしようとすると必要になってくるので、意外とハズレサブスキルではありません。きのみとくいは無関係なので、きのみとくいのときだけハズレ。

メインスキルレベルアップ
昔は金の種が限られていたのですが、今はそうでもないのでかなり評価が下がりました。いや、げんき回復アップより、嬉しくはあるんですけどねー。
どちらかというと、スキルとくいより、きのみとくいとか食材とくいに雑に付いてるほうがうれしいスキルですね。そこに金の種を入れる余裕はないので…。
メインスキルのたねを投下すればカバーできる枠なので、正直所持数アップとか付いているほうがうれしい、というのが現状ですね。評価がめちゃめちゃ下がったサブスキルです。正直いらない…。

睡眠時ボーナス系
リサーチEXPボーナス、ゆめのかけらボーナス
睡眠時にそれぞれボーナスがもらえます。ゆめのかけらの方が強いです。
リサーチEXPボーナスは9%とゆめのかけらボーナスの1.5倍の効果ですが、概ねリサーチEXPはゆめのかけらの半量なので、75%ぐらいの効果ですかね。
いずれにしても、枯渇しがちなゆめのかけらが継続的に増えるので、結構使える方のスキルです。
睡眠EXPボーナス
増加量は0.5体分ぐらいでごく微量なのですが、やはりちょっと効率的に経験値が取得できるというのは楽しいです。
正直、強くはないと思いますが、プレイ時の気分が良いので、採用時は割と優先して評価しています。

げんき回復ボーナス
序盤はローテできないのでげんきかいふくダウンせいかくと組み合わせて使う余地があったのですが、長くプレイしているとローテで回復できるし、死ぬほど回復のおこうが溜まっていると思うので、基本的に不要です。
さすがに弱すぎるので、もうちょっと強化されても良いと思うなー。雑にげんき回復スキルでも適用、にしても誰も文句言わないと思うよ…?
まとめ
というわけで、現状最も不要なのはげんき回復ボーナスで不変ながらも、メインスキルレベルアップもだいぶ要らない子側になったな、という印象です。
メインスキルレベルアップの枠の死に枠度が高いのはどっかでどうにかして欲しいところではありますね。金の種を超過して与えると別のサブスキルに再抽選されるとか(それでげんき回復ボーナスがついたら苦しいので、それはそれでやらない気がしますが)。